1.将全国6186种学术期刊分别归属到81个一级学科和文科综合、理工综合、农学综合、医学综合共85类学科，专业期刊跨学科的，按所刊登的一级学科最多的论文的属性划归学科。

2.将全国所有被评价的普通本科高校在这6186种学术期刊上以第一作者发表的论文逐篇标记。

3.将85类期刊分别按影响因子降序排列，并将降序排列的期刊刊登的带有标记的论文数量依次相加，直至相加的论文总数达到该类学科分配的论文数量为止。如果某个学科将全国所有的学术类专业期刊穷尽后，仍不能达到需要的论文数量，则从落选的综合性中文核心期刊中逐篇寻找该学科的论文，直至论文总数达到该学科分配的论文数量为止。完成初选。

4.对初选期刊进行二级学科筛选。如有人数较多的二级学科没有期刊入选，则需将该二级学科影响因子最高的期刊依次选入。二级学科期刊按人数比例入选期刊过多的，则需将该二级学科影响因子最低的期刊依次删除。之后，用同样的方法对临床医学二级学科进行三级学科筛选。

5.对期刊进行地区筛选。期刊二级学科（临床医学三级学科）筛选后，如发现某个地区期刊明显缺少时，则以该地区综合类期刊补充。

6.为保证优秀的专业类期刊和综合类期刊不被遗漏，实际筛选时各学科门的期刊都较核定的论文数量有所增加，增加幅度通常为10%～20%。